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viernes, 24 de abril de 2015

Reprogramando la reprogramación

Artículo publicado por Xavier Pujol Gebellí:





La generación de una célula pluripotente a partir de otra somática es un fenómeno ya bien establecido. Eso no significa que sea ni bien conocido ni mucho menos que sea un proceso rutinario en los laboratorios especializados. Como bien señala Pia Cosma, investigadora del Centro de Regulación Genómica (CRG) de Barcelona, hay un “altísimo número” de parámetros y vías biológicas que tienen un papel determinante que aún no se conocen al detalle. Uno de ellos, en el que lleva tiempo trabajando, es cómo se reorganiza la cromatina.




Imagen de la vía molecular definida por el gen Wnt, clave en la reprogramación celular.







Cuando el británico John B. Gurdon y el japonés Shinya Yamanaka recibieron el premio Nobel de Medicina en 2012 por su aportación a la investigación en células madre, la comunidad científica y la opinión pública de todo el globo creyeron estar frente al aldabonazo definitivo que debía permitir el rápido progreso de una de las mayores promesas de la biomedicina. Seis años antes, en 2006, el científico nipón había demostrado que una célula somática, de la piel, por ejemplo, podía desprogramarse hasta alcanzar el estado de célula madre y luego reprogramarse en cualquier tipo celular, desde neuronas a cardiomiocitos pasando por otra cualquier forma. Nacían las células iPS o con pluripotencialidad inducida.


El surgimiento de las nuevas formas celulares dejaba atrás, ni que fuera parcialmente, la agria y larga polémica sobre el uso de células madre embrionarias humanas en investigación y eventuales nuevas terapias. Prácticamente diez años después del descubrimiento de las células iPS, sin embargo, y a pesar del largo camino recorrido, las investigaciones en reprogramación celular aún deben ganar en eficiencia y efectividad. Todavía no puede decirse que la promesa se haya convertido en realidad.


La investigadora Pia Cosma, profesora ICREA en el Centro de Regulación Genómica (CRG) de Barcelona, lo sabe bien. Desde su laboratorio lidera distintos proyectos que tienen como objetivo principal esclarecer alguno de los aspectos clave de la reprogramación celular y la regeneración de tejidos. Se trata de aspectos básicos, como la reorganización de la cromatina tras la fusión de una célula somática con una célula madre, pero también hay aplicabilidad en sus trabajos, alguno de ellos en fase de estudio preclínico.




Pia Cosma: «Con este descubrimiento se escribe un nuevo paradigma: es un modelo completamente nuevo para explicar cómo se organiza la cromatina e intervenir en el proceso de diferenciación celular.»



La cromatina podría definirse como el conjunto de filamentos de DNA en mayor o menor grado de condensación que se forma durante la división celular y desemboca en la formación de cromosomas. Su función principal es proporcionar la información genética necesaria para que los orgánulos celulares puedan realizar la transcripción y síntesis de proteínas. Asimismo, también conservan y transmiten la información genética contenida en el DNA, duplicando el DNA en la reproducción celular. Es, pues, uno de los elementos clave de la transmisión genética y su conocimiento resulta indispensable para el control de la reprogramación celular.


Este es, precisamente, uno de los principales focos de atención del laboratorio dirigido por Cosma. Su objetivo es demostrar que la fusión de una célula somática con una célula madre, algo que lleva tiempo consiguiéndose con células madre embrionarias, es la mejor vía para reprogramar la primera en distintas formas celulares. Mediante el uso de células iPS se daría el doble fenómeno de desdiferenciación de una célula somática para alcanzar el estado de célula madre pluripotente. El añadido de factores biológicos específicos permitiría derivarla hacia el tipo celular escogido. Dicho de otro modo, la técnica debería permitir, y de hecho así lo hace, reprogramar una célula epitelial en una neurona.


Uno de los grandes problemas, no obstante, es la baja eficiencia que hasta el momento se está logrando con esta técnica, razona la investigadora. Controlar los mecanismos que rigen la formación de cromatina y su transformación en cromosomas podría resultar esencial. Y para ello es menester disponer de un método de visualización de la potencia y la resolución pertinentes.




Diferencia de resolución obtenida gracias a STORM, el nuevo modelo informático desarrollado conjuntamente por CRG e ICFO.







Una reciente colaboración entre el equipo dirigido por Cosma en el CRG junto con el liderado por Melike Lakadamyali en el Instituto de Ciencias Fotónicas (ICFO), se ha traducido en una potente herramienta para el visionado de la cromatina. Mediante el uso del innovador microscopio de superresolución, una nueva técnica óptica de última generación que recibió el premio Nobel de Química en 2014, Cosma y Lakadamyali han conseguido ver por vez primera, "e incluso contar”, las unidades más pequeñas que forman nuestro genoma. Esto es, los nucleosomas, el primer nivel de organización de los cromosomas y, por tanto, de la cromatina. La repetición periódica de los nucleosomas a lo largo del genoma, define el grado de empaquetamiento o de condensación del DNA durante la división celular. Las investigadoras, a través de métodos computacionales, han definido la arquitectura del genoma a escala nanométrica y han podido ver que los nucleosomas se empaquetan en grupos irregulares a través de la cromatina.





Los métodos computacionales, explica Cosma, han permitido desarrollar un modelo informático con el que simular la cromatina y su organización, el primero de este tipo accesible para la comunidad científica. Comparando células madre y células somáticas ya diferenciadas, se han podido constatar notables diferencias en la arquitectura de la fibra de cromatina de ambas, lo cual "se correlaciona con el nivel de pluripotencia, de modo que cuanto más pluripotente es una célula, menos denso es el empaquetado de los nucleosomas”.


La explicación que da la investigadora de origen italiano es que la densidad de los nucleosomas en la cromatina de las células madre es menor para permitir la integración de factores de transcripción, polímeros y otras moléculas. "Es más plástica, lo que favorece la activación de los genes precisos”. Conociendo esta estructura, por tanto, se puede intervenir para activar o inhibir un determinado gen y, por consiguiente, dirigir la reprogramación celular en el tipo deseado. "Podría decirse que con este descubrimiento se escribe un nuevo paradigma”, enfatiza Cosma. "Es un modelo completamente nuevo para explicar cómo se organiza la cromatina” e intervenir en el proceso de diferenciación celular.




La reprogramación celular es un campo que se encuentra ahora mismo en "franca expansión”, asegura Pia Cosma. Lo achaca sobre todo al "gran impulso mediático” que recibe este prometedor ámbito de la biomedicina desde el descubrimiento de las células iPS y el posterior premio Nobel recibido. Sin embargo, y como bien recuerda, las investigaciones y los primeros éxitos conseguidos se remontan a la década de los años sesenta del siglo pasado. "Es un campo de moda para la opinión pública de todo el mundo.”




Dinámica de la proteína Nanog en el proceso de reporgrmación celular.








Y así es en efecto, al menos en el último decenio. Hay razones para ello. De entrada, la reprogramación celular y todo cuanto rodea a la investigación en células madre lleva implícito un debate ético aún no superado. Por otro lado, no deja de ser la antesala de otro campo que explosionará en los próximos años, el de la regeneración de tejidos. O lo que es lo mismo, una de las grandes promesas de la medicina del futuro, regenerar un corazón dañado, o un cerebro o una médula espinal. Nadie puede asegurar con certeza cómo y cuándo sucederá. Pero tarde diez o veinte años en hacerse realidad, lo que sí es seguro es que moverá ingentes cantidades de dinero. La única opción es estar bien posicionado para cuando llegue el momento.


Mientras, y casi como siempre ocurre en ciencia, de lo que se trata es de ir dando pasos desde el mundo académico y asegurar la protección de la propiedad intelectual pertinente. Lo han hecho Pia Cosma y su colega Melike Lakadamialy para sus respectivos centros con su nuevo modelo informático. Si se cumple su sueño, serán partícipes con beneficios económicos para CRG e ICFO, y eventualmente de alguna empresa del sector farmacéutico o biotecnológico, de la medicina del futuro que ya se escribe en presente.













martes, 17 de marzo de 2015

Una fotografía en alta resolución de nuestro ADN

Fuente: http://elpais.com/elpais/2015/03/12/ciencia/1426165381_714630.html



Vista del genoma con la nueva técnica óptica. 






El núcleo de una célula humana alberga unos dos metros de material genético, nuestro libro de instrucciones. En estos dos metros, el ADN se empaqueta en cromosomas y estos se organizan en nucleosomas, unos ovillos de proteínas que dan lugar a la fibra de cromatina, una estructura con apariencia de collar de perlas. Por primera vez, los científicos han observado en animales, de forma no invasiva y con suficiente calidad los nucleosomas. Es una fotografía en alta resolución de nuestro genoma.


Hasta ahora se pensaba que los nucleosomas estaban muy compactados y se esparcían de forma regular en la cromatina. En cambio, nuevos experimentos con células madre y células adultas de humano y ratón muestran que se empaquetan de forma diferente. Además, el estudio añade que están separados por regiones de ADN libres de nucleosomas.


El matiz tiene grandes implicaciones. A escala nanométrica, de millonésimas partes de un milímetro, la arquitectura interna del genoma está correlacionada con el nivel de pluripotencia de la célula, su capacidad para diferenciarse en cualquier otro tipo celular. Cuanto más pluripotente es una célula menos rígido es el empaquetado de su material genético, según las conclusiones de un estudio publicado en la revista Cell por un equipo de biólogos del Centro de Regulación Genómica (CRG) y físicos del Instituto de Ciencias Fotónicas (ICFO), ambos en Barcelona.


“Hemos descrito un nuevo modelo que explica cómo se estructuran las fibras de cromatina”, subraya Pia Cosma, investigadora en el CRG y coautora del estudio, hecho con la técnica de microscopía galardonada con el último premio Nobel de Química. Este equipo introduce en la literatura científica el concepto de “puesta de huevos” para referirse a la heterogeneidad en los tamaños de los grupos de nucleosomas repartidos en nidadas a lo largo de la fibra de cromatina.





Mientras que en las células ya diferenciadas (una célula de hígado, de músculo, una neurona...) las nidadas de nucleosomas son densas, compactas y muy pobladas, en las células madre (que dan lugar a todas las demás) el número de nucleosomas por cada nidada es menor y su empaquetado es más laxo. Cosma intuye que la arquitectura de la cromatina en las células madre podría favorecer algunos factores de transcripción, las proteínas que regulan la activación de un gen o de un grupo de genes. “El ADN sería más accesible porque estaría más abierto”, teoriza a partir de los resultados.


Esta investigación básica ofrece nuevas pistas para entender mejor el funcionamiento de las células madre. En concreto, los cambios en la cromatina durante los procesos de reprogramación y diferenciación celular. Por ejemplo, este conocimiento podría contribuir a entender mejor la fisiología del cáncer observando la arquitectura interna de una célula cancerígena. “Quizás tengan una estructura diferente”, especula Cosma.


En el CRG también confían en poder aplicar el hallazgo a desarrollar un sistema para discernir de forma más ágil el grado de pluripotencia de una célula madre reprogramada (iPS) a partir de una adulta en el laboratorio. Las iPS son una viga de la medicina regenerativa, cuyo objetivo es extraer células adultas del paciente, transformarlas en células madre y emplearlas para regenerar sus tejidos dañados. “Los test que utilizamos para diferenciar entre las iPS humanas buenas y menos buenas son muy trabajosos”, comenta Cosma, que ha dedicado parte de su investigación a la inducción de células madre y la reprogramación de células madre de retina.


Hasta ahora la tecnología no permitía identificar la cantidad y la posición de los nucleosomas en células vivas. “Probablemente veremos una explosión de la nueva biología en los próximos años gracias a las aportaciones de la microscopía fluorescente de superresolución”, comenta Melike Lakadamyali, la investigadora del ICFO que ha manipulado el microscopio STORM, ganador del Nobel.





Esta técnica, con un coste de entre 200.000 y 500.000 euros, mejora la calidad de las imágenes a 20 nanómetros. Un microscopio óptico convencional las conseguía a 300 nanómetros a causa de la difracción. Sin embargo, Lakadamyali apunta que la superresolución es una técnica “aún relativamente lenta” en comparación con sus predecesoras. Añade que el método deberá mejorar la velocidad para captar las dinámicas celulares con precisión de milisegundos.


La nanoscopía ya se había utilizado para visualizar otros procesos biológicos como la división del núcleo celular, pero “la mayoría de estudios previos se habían basado en la prueba de concepto”, contextualiza Lakadamyali sobre la nueva tecnología que permite observar el ADN y los nucleosomas.


Su grupo es pionero en la utilización de este microscopio para observar la cromatina y los nucleosomas en combinación con aproximaciones cuantitativas y simulaciones numéricas en células humanas de piel e iPS (reprogramadas), así como en células de ratón embrionarias y precursoras de neurona. La biología celular y la neurociencia, asegura Lakadamyali, son los dos campos que más se pueden beneficiar de esta tecnología.